A Java egy platformfüggetlen programozási nyelv, így a Java vírusok nagy előnye (a saját szempontjukból), hogy ők is platformfüggetlenek lehetnek.
Ezek a vírusok nem a Java appleteket, hanem a Java alkalmazói programokat szokták megfertőzni, melyek ugyanolyan programok, mint a winchesteren található összes többi, csak Java Virtuális Gép kell a futtatásukhoz.
A böngészőprogramok írói azt ígérik, hogy az esetleges kártékony kód onnan nem szabadulhat el, de mivel egyik program sem tökéletes, semmiképpen sem szabad vakon bíznunk ezekben az ígéretekben. Ha rosszul állítjuk be a böngészőt, és kikapcsoljuk az alapértelmezés szerinti korlátozásokat (pl. az applet csak a saját szerverével létesíthet hálózati kapcsolatot, és nem férhet hozzá a helyi meghajtókhoz), akkor szintén kitesszük magunkat a támadásoknak.