Az ezen a szinten elhelyezkedő programoknak nem kell törődniük a vírusok lelkivilágával, egyszerűen csak hívogatniuk kell a második szint rutinjait, és végezniük kell a saját dolgukat. Két fajta programot különböztethetünk meg: az első a víruskereső (-ölő), a másik az egyéb program.
A víruskereső feladata a felhasználó kívánságait a függvénykönyvtárnak átadni, és viszont. A hagyományos víruskeresők esetében gyakran választanunk kell egy sokat tudó és egy kényelmes program között. Mivel a mi esetünkben a két jellemző két külön programba van szétosztva, nem kell megalkudnunk.
Az egyéb programok általában olyan szerverprogramok, melyek fájlokkal dolgoznak. Elég a programnak megmondania, hogy mit kell ellenőrizni, és rögtön visszakapja, hogy vírusmentes-e az adott fájl. Ha vírusos lenne, akkor megteheti például, hogy karanténba zárja, és levelet küld a rendszergazdának , és/vagy a fájl tuladjonosának. Ilyen módon rögtön ki lehet szűrni például a levélben érkező vagy a webről letöltött vírusokat.
A felhasználók érdekében általános viselkedése kell legyen minden programnak, hogy csak kérésre változtat meg bármit, mert lehetséges, hogy egy, a program szerint nyilvánvaló hiba kijavítása után a helyreállítás sokkal több erőfeszítést igényel, ha egyáltalán lehetséges. Természetesen ez nem azt jelenti, hogy minden kérdést fel kell tenni, lehetséges mondjuk egy ``mindent kijavít'' opció.