A DOS vírusok a DOS rendszerek fájlformátumait fertőzik meg, azaz a COM és EXE, esetleg SYS és egyéb fájlokat. Ehhez csak az adott fájlformátum tulajdonságait kell a vírusnak és írójának ismernie. Bővebb információ ezeknek a fájloknak a fertőzéséről a 6.4.1 részben található.
A CEB vírusok a DOS-nak azt a tulajdonságát használják ki, hogy a COMMAND.COM a kiterjesztés nélkül megadott programokat a következő sorrendben keresi: *.com, *.exe, *.bat. Ha egy vírus az EXE vagy BAT fájlok mellett létrehoz egy COM állományt, akkor a futtatni kívánt program helyett a vírus indul el, majd az természetesen végrehajtja az eredeti programot is, hogy ne bukjon le.