Két olyan EXE kiterjesztésű fájlformátum van, amit egy windowsos vírus célba vehet: a régebbi, 16 bites formátum a NewEXE (NE), az újabb, 32 bites a Portable EXE (PE). Hely hiányában itt nem tudok kitérni a fájlformátumok részleteire.
A fájlformátumon kívül a vírusoknak csak a védett móddal kell megkűzdeniük. A vírusok szerencséjére Windows alatt (ha az NT-t nem számítjuk) ezt a fogalmat nem kell túl komolyan venni.