Vírusok eltávolítására két módszert ajánlanak. Az első a biztonsági másolatról történő helyreállítás. Ha tehetjük, válasszuk ezt a módszert!
Biztonsági másolat hiányában kénytelenek vagyunk a fertőzött állományt megtisztítani. Ilyenkor mindennek az ellenkezőjét kell tenni, és ellenkező sorrendben, mint ahogy a vírus csinálta. Ez például felülíró vírusok esetében lehetetlen. Általában azt lehet mondani, hogy ha egy program vírusosan működik, akkor abból ki lehet ölni úgy a vírust, hogy a program utána is működjön. A fertőtlenített állomány nem minden esetben lesz bitről bitre azonos az eredetivel, mert egyes vírusok eltűntethetnek információkat.