A boot-vírusok eltávolítása csak annyiban különbözik a fájlvírusok eltávolításától, hogy nem bájtokkal, hanem szektorokkal dolgozunk. A legegyszerűbb esetben, példa erre a Michelangelo , a vírus változatlanul elmenti az eredeti szektort, nekünk csak ennek a helyét kell megtudni, és visszamásolni. Ízlés szerint a vírus által kitöltött szektorokat ki lehet nullázni.
Bonyolultabb eset, amikor az eredeti boot-szektor nincs meg változatlan formában. Ekkor nincs mese, össze kell rakni a szektort darabokból. A darabok valahol meg kell legyenek, mert a vírus is egyberakja azokat, hogy az eredeti betöltési folyamat el tudjon indulni. Ha mégis egy olyan vírussal van dolgunk, mint a REX , amelyik saját rutinjával kiváltja az eredeti partíciós kódot, akkor vagy feladjuk a helyreállítást, vagy generálunk egy általános szektort.